A FGV EESP oferece programas de mestrado e doutorado acadêmicos. Esses programas têm como objetivo formar profissionais altamente qualificados por meio de um treinamento rigoroso e envolvimento em atividades de pesquisa.  O programa de mestrado treina alunos que desejam seguir carreira acadêmica fazendo um doutorado no Brasil ou no exterior. O programa de doutorado treina alunos para serem pesquisadores bem-sucedidos. Ambos os programas também oferecerem excelente treinamento para indivíduos que desejam seguir carreira nos setores público ou privado.